Fakultas Biologi UNSOED secara yuridis berdiri pada tanggal 23 Nopember 1963 berdasarkan SK Menteri PTIP No. 153 Tahun 1963. Pada awal berdirinya, Fakultas Biologi Unsoed terdiri atas 3 (tiga) jurusan yaitu: Botani, Zoologi dan Biologi Umum. Pada tahun 1985, jurusan Biologi Umum diubah menjadi Biologi Lingkungan. Selanjutnya, dengan keluarnya Peraturan Pemerintah No. 60 tahun 1999, ketiga jurusan tersebut ditiadakan, sehingga saat ini Fakultas Biologi Unsoed hanya terdiri dari satu program studi.

Fakultas Biologi berhasil mengembangkan Program Pendidikan Diploma III (DIII) Pengelolaan Sumberdaya Perikanan (PSDP) berdasarkan SK Rektor Unsoed No. 102/J23/PP/1997 dan dikukuhkan dengan SK Dirjen Dikti No. 05/DIKTI/Kep/1999, tanggal 7 Januari 1999. Dalam perkembangannya, Fakultas Biologi Unsoed berhasil mendirikan Program Pascasarjana Strata 2 (S2), dengan ijin penyelenggaraan dari Dikti No. 134/Dikti/2002, tertanggal 25 Januari 2002.

Kinerja Program Studi (PS) Biologi dalam memperbaiki kualitas lulusan terus meningkat, yang ditunjukkan dengan penurunan masa studi dan peningkatan persentase lulusan yang memiliki IPK > 3,00. Ditinjau dari sisi pengembangan eksternal, PS telah menjalin kerjasama kemitraan dengan kalangan industri maupun institusi yang lain. Akan tetapi, masih ada sejumlah kegiatan yang belum dapat mencapai target yang ditetapkan, misalnya rataan lama tunggu lulusan untuk mendapatkan pekerjaan yang pertama. Pengembangan internal PS nampaknya belum disertai peningkatan sumberdaya staf, misal minimnya riset dan publikasi ilmiah.

Tanggal 1 Januari 2006 berdasarkan SK BAN PT No 004?BAN-PT/A.K/X/S1/VI/2006 Fakultas Biologi UNSOED berakreditasi A